1939 年－民國28年
軍醫學校38周年，藥科遷至安順。時逢張建教育長重視人才發展，推動留校助教與出國進修政策。從 P21 起，藥科優秀人才畢業可直接任留校助教，培育成師資。
1940 年－民國29年
P25 起，每年招生兩次，稱為大學部。因應戰地考察團考察結果，成立類似藥科補習班之藥科專科部，招收高中學歷或已在部隊服務者，著重實用技能訓練。
1941 年－民國30年
軍醫學校40周年。創辦藥品製造研究所，張鵬翀（P4）任所長。
1942 年－民國 31 年
下設六學系一研究所：基本化學系、生藥學系、製藥化學系、藥劑學系、藥品檢驗學系、化學兵器學系、藥品製造研究所。
當時，藥科、藥劑班近 35 位教授及助教，超過一半（約22位）是出自本校藥科畢業生。
1945 年－民國 34 年
8月15日抗戰勝利。日本無條件投降，學校開始計畫復員上海。
1946 年－民國35年
開始釐定遷校計畫，各部門準備復員，擬前往上海江灣。
藥劑職業班第一期畢業（共畢業三期）。