一、自行開車：
- 中山高：內湖成功路交流道出口下，往內湖方向往北走，直行至民權東路與成功路交叉口後，右轉約500公尺左側即看到國防醫學院大門口。
- 北二高：汐止系統接中山高南下（臺北、內湖）方向，在內湖成功路交流道出口下（小心別走到南京東路出口），往內湖方向往北走，直行至民權東路與成功路交叉口，右轉約500公尺左側即看到國防醫學院大門口。
二、搭乘火車：
- 臺北站（台鐵、高鐵）：可搭乘捷運板南線（藍線）至昆陽站，下車後搭乘計程車前往國防醫學院或三軍總醫院（車資約100元）；或於昆陽站轉乘284、藍20路線公車至三軍總醫院、藍36路線公車至國防醫學院（國防醫學院與三軍總醫院為相連之建築，可經由三軍總醫院進入國防醫學院）。
- 松山站（台鐵）：可於八德路四段搭乘28路線公車，或於松山路上搭乘284、286路線公車至三軍總醫院（國防醫學院與三軍總醫院為相連之建築，可經由三軍總醫院進入國防醫學院）。
南港站（台鐵、高鐵）：可於南港路一段搭乘民權幹線（原紅32）公車至國防醫學院（國防醫學院與三軍總醫院為相連之建築，可經由三軍總醫院進入國防醫學院）。三、搭乘飛機（松山機場）：可搭乘617路線公車至三軍總醫院（國防醫學院與三軍總醫院為相連之建築，可經由三軍總醫院進入國防醫學院）。
四、公車資訊：
- 國防醫學院周邊公車：民權幹線（原紅32）、藍36、284直、617、645、903（於「國防醫學院（網球中心）」下車，步行約5分鐘）。
- 三軍總醫院周邊公車：市民小巴10、小3、藍20、藍27、棕9、214、256、278、284、551、617、630、645、652、903(於「國防醫學中心」下車，步行約10分鐘)。
- 進入三軍總醫院公車：市民小巴10、藍20、藍27、紅29、0東、28、278、284、521、551、617、645（於「三總內湖站」下車，步行約5分鐘，繞駛時間為0800-2130時）。
五、捷運資訊：
- 搭乘台北捷運板南線（藍線），於昆陽站下車，出站後於對向車道轉乘公車（284、藍20、藍36）至三軍總醫院或國防醫學院下車。
- 搭乘台北捷運文湖線（棕線），於內湖站下車，出站後轉乘公車（284、630、棕9）至三軍總醫院下車。
六、院區內路線圖：
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- 更新日期:2019-08-28